أكد معهد الدراسات القبطية على أنه لا يفرق أو يميز بين أيًا من المصريين، وأن طلاب المعهد ينتمون لطوائف عدة كالكنيسة السريانية والأرمنية والأثيوبية والهندية.
 

وأضاف في بيان له بحسب الوطن، بشأن رفضه قبول طالب ينتمي للطائفة الإنجيلية، أن المعهد سبق وأن أقام ندوات بالهيئة القبطية الإنجيلية واستضافة أساتذة وطلاب من كلية اللاهوت الإنجيلية.
 

مشددًا، أن المعهد يجسد صورة من أروع نماذج التآخي والتعاون، لافتًا في الوقت ذاته إلى أنه وفق اللائحة الأساسية لأكاديمية العلوم اللاهوتية والدراسات القبطية والتى يتبعها المعهد، تنص فى صفحة 60 باب 5 فصل 1 مادة 112 بشأن شروط قبول الطلاب أن يكون الطالب قبطيًا أرثوذكسيًا أو من أحدى الكنائس الارثوذكسية الشقيقة ويجوز الاعفاء من هذا الشرط بعد العرض على رئيس الاكاديمية وهو البابا.