أنشأ متحف البرازيل الوطنى عام ١٨١٨، وقام ببنائه الملك البرتغالى دوم جواو السادس، كان في البداية المتحف الملكى عبارة عن مبادرة لتنشيط البحث العلمى في البرازيل، ولم يتوقع أحد أن يصبح أكبر متحف وطنى في البرازيل.

ضم المتحف العديد من الحيوانات وخاصة الطيور، وهذا تسبب في تسمية المبنى القديم للمتحف، والذى كان يقع في وسط ريو دى جانيرو بأنه «بيت الطيور».
 
وبعد زواج ابن الملك الذى أسس المتحف، واسمه دوم بيدرو الأول، والذى أصبح فيما بعد أول إمبراطور للبرازيل من أميرة النمسا، بدأ المتحف في التحول كقبله للزائرين، ويجذب اهتمام أكبر الباحثين الأوروبيين الذين يعشقون الطبيعة في القرن التاسع عشر مثل ماكسيميليان زو ويد نوويد، ويوهان بابتيست فون سبيكس، وكارل فريدريش فيليب فون مارتوس.. وغيرهم.
 
وعند نهاية القرن ١٩، قام الإمبراطور دوم بيدرو الثانى بتطويره، ليشمل نشاطات الأنثروبولوجيا وعلم المتحجرات وعلم الآثار، وساهم الإمبراطور في جمع بعض القطع التى تخص فنون مصر القديمة والأحافير، وبالفعل موجود بالمتحف أكثر من قطعه أثرية مصرية، والتى اقتناها خلال رحلاته إلى الخارج.
 
يعد المتحف أحد أكبر المعارض في الأمريكتين، كل تلك الآثار القديمة تحولت إلى رماد في مثل هذا اليوم ٢ سبتمبر ٢٠١٨، بعدما اندلعَ حريق كَبير في قصر سانت كريستوفر، والذى يضم متحف البرازيل الوطنى في ريو دى جانيرو، بدأت النيران في الطوابق الثلاثة من مبنى المُتحف الوطنى في حديقة كينتا دا بوا فيستا، ودمر الحريق طابقين من المبنى وانهارَ السقف، كانت ردود الأفعال على الخسارة التراثية سريعة جدًا، حيثُ يتضمن المُتحف أكثر من «٢٠ مليون قطعة»، وقد وصفَ رئيس البرازيل ميشال تامر فقدان التراث التاريخى والثقافى بأنهُ «لا يُمكن حسابه»، لم يُحدد بعد سبب اندلاع الحريق، ولكنه قد يكون مُتصلًا بالنقص المُستمر في التمويل المتاح للمتحف في العقد السابق.