يمتلك خل التفاح العديد من الفوائد الصحية والتجميلية للجسم كتطهير البكتيريا وعلاج الدوالى والقشرة إلا أن له بعض الأضرار الجانبية إذا لم يتم توخى الحذر بما فيه الكفاية.

أوضح موقع " Verywellhealth " أن خل التفاح من المواد المنزلية الشائعة ، مما يجعل البعض يعتقد أنه آمن ولكن للضارة عند استخدامه بشكل عشوائى او لفترة طويلة أو بتركيزات  عالية او كان الانسان يعانى من مرض يمنعه من استخدام الخل مثل القرحة.

-قد يسبب حروقًا كيميائية كانت هناك تقارير عن حالات حروق كيميائية وقعت بعد استخدام خل التفاح لعلاج الثآليل ومرض الرخويات المعدية .
-على الرغم من أنه يستخدم على نطاق واسع كعلاج منزلي لتبييض الأسنان أو تحسين النفس لكنه قد يسبب تآكل مينا الأسنان مما يؤدي إلى التسوس.
-تناوله داخل الخسم يسبب انخفاض مستويات البوتاسيوم ونقص السكر في الدم وتهيج الحلق وردود الفعل التحسسية خاصة عندما تؤخذ دون تخفيف أو بكميات كبيرة.

-يتفاعل خل التفاح مع بعض الأدوية ، بما في ذلك الملينات ، ومدرات البول ، ومخففات الدم ، وعلاجات أمراض القلب وداء السكري
-لا يجب استخدام خل التفاح كرذاذ أنفي ، أو غسل الجيوب الأنفية  أو فى قطرات العين ، ولن يصلح في علاج القمل.